Primera serie de animación basada en los cómics de Marvel, X-Men. La serie comienza con Júbilo, una adolescente que de pronto descubre tener poderes mutantes. Fue atacada por Centinelas y rescatada por los X-Men, y luego de conocerlos dejó a sus padres adoptivos y se fue con ellos, para aprender a controlar sus poderes y estar a salvo de los ataques de los Centinelas u otras organizaciones extremistas anti-mutantes. La serie se enfoca también en el triángulo amoroso entre Cíclope, Jean y Wolverine, y la complicada relación entre Gambito y Rogue. Había una enorme cantidad de personajes invitados a lo largo de la serie provenientes de todo el Universo Marvel, pero sólo los mutantes se pueden considerar como tales. A excepción de Miss Marvel y el Capitán América en uno de los episodios finales, y Juggernaut dado su naturaleza mágica, todos los personajes no-mutantes que aparecían lo hacían sólo como cameos de breves segundos. En 2000, se estrenó una segunda serie animada llamada "X-Men Evolution", aunque no fue tan bien recibida como ésta, Spiderman: La serie animada o Batman: La serie animada.
Luego de que Scott y Jean se casen, Morph logra infiltrarse en la Mansión X dispuesto a vengarse de todos los X-Men por haberlo abandonado en el ataque contra los Centinelas en el Cuartel General del Registro de Mutantes. Morph, disfrazado de los X-Men, logra causar el caos en la Mansión mientras Jean y Scott se dirigen a una trampa mortal…
23/10/1993
2. Hasta que la muerte nos separe (Parte 2)
El Rey Sombra logra llegar al lugar de nacimiento de Tormenta, Kilimanjaro, y logra poseer el cuerpo del hijo espiritual, Mjnari, por lo cual Rogue y Tormenta deben viajar a Kilimanjaro para encontrarlo y salvarlo cueste lo que cueste.
30/10/1993
3. Cueste lo que cueste
El Rey Sombra logra llegar al lugar de nacimiento de Tormenta, Kilimanjaro, y logra poseer el cuerpo del hijo espiritual, Mjnari, por lo cual Rogue y Tormenta deben viajar a Kilimanjaro para encontrarlo y salvarlo cueste lo que cueste.
06/11/1993
4. Amanecer Rojo
Omega Rojo es resucitado por tres oficiales corruptos que planean restaurar y dirigir la Unión Soviética. Coloso va por ayuda hacia los X-Men para que le ayuden a evitar la destrucción de su país natal a manos de Omega Rojo.
13/11/1993
5. Rapo Man
Vindicator y el Escuadrón Alfa capturan a Guepardo para conocer el secreto de su esqueleto de adamantium.
20/11/1993
6. Eternamente tuya
Gambito se ve obligado a volver a sus raíces del sur por un antiguo diezmo, una vieja disputa familiar y el secuestro de su hermano, Bobby.
04/12/1993
7. Fugitivos del Tiempo (Parte 1)
Cable usa su dispositivo de tiempo y ve que el Bishop viajó desde 2055 DC hasta el presente para detener una plaga que comenzó Apocalipsis.
11/12/1993
8. Fugitivos del Tiempo (Parte 2)
Cable llega hasta el presente para detener a Bishop y salvar su propio futuro.
18/12/1993
9. Una historia de Pícara
Mística, madre adoptiva de Titania, la obliga a volver a su propio pasado.
08/01/1994
10. La Bella y la Bestia
Bestia se enamora de Carly, una paciente ciego. El padre de Carly es un enemigo mutante y manda a los Amigos de la Humanidad a secuestrar a Carly.
15/01/1994
11. Mojovision
Un extraterreste, Mojo, secuestra a los X-Men (excepto Gambit y Jubilee) como su más reciente éxito de televisión de toda la galaxia.
05/02/1994
12. La Reunión (Parte 1)
Xavier y Magneto son secuestrado por Mr. Siniestro para atraer a los otros X-Men a su fortaleza en la Tierra Salvaje.
12/02/1994
13. La Reunión (Parte 2)
Al momento del aterrizaje en la Tierra Salvaje, los poderes mutantes de los X-Men han sido neutralizados por las máquinas del siniestro y son capturados por aliados de Siniestro excepto Guepardo que tendrá que rescatar a los otros.
19/02/1994
1. La Noche de los Centinelas (Parte 1)
Los X-Men ayudan a Júbilo, después que sus padres adoptivos la ofrecen al registro de mutantes. Ella es atacada por los Centinelas. Los X-men la salvan y la integran al grupo. Allí, ella aprende un poco sobre ellos. Los X-Men descubren que el grupo que ejecuta el Programa de Registro de Mutantes tienen la intención de realizar un seguimiento y eliminar a los mutantes, así que deciden entrar a la sede y destruir todos los datos.
31/10/1992
2. La Noche de los Centinelas (Parte 2)
Después de la destrucción de los archivos mutantes, los X-Men se escapan, pero son detenidos por los Centinelas. Durante la lucha con los Centinelas, Morfo es asesinado y Bestia capturado y encarcelado por el gobierno. Los X-men logran localizar la sede de los Centinelas y rescatan a Júbilo. Ella decide unirse a la academia de Charles Xavier.
07/11/1992
3. Aparece Magneto
Magneto intenta liberar a Bestia de la prisión, pero Bestia prefiere esperar su juicio. Leónidas [Sabretooth] exige que Bestia sea liberado y se deja llevar por una ira destructiva, haciendo que los guardias le disparen y lo lastimen. Cíclope ayuda a Leónidas y lo lleva a la enfermería de la Mansión, lo cual no le agrada a Guepardo [Wolverine]. Más tarde, Magneto ataca una bodega militar de misiles.
27/11/1992
4. Reuniones Mortales
El Profesor X trata de curar a Leónidas [Sabretooth] contra las advertencias de Wolverine, mientras Magneto ataca una planta química para atraer la atención de Charles.
23/01/1993
5. Corazones Cautivos
Cíclope y Jean son capturado por un grupo de mutantes llamados los "Morlocks" (mutantes demasiado deformados para pasar por humanos ordinarios, lo que impide que vivan en la superficie) cuando intentaban tener una cita romántica, lo que lastimaba los sentimientos de Logan. Tormenta lucha contra su líder Callisto para controlar al grupo de Morlocks.
30/01/1993
6. Fría Venganza
Wolverine encuentra a Sabretooth en el Ártico, mientras Tormenta, Gambito y Júbilo se dirigen a la isla paradisíaca de Genosha "amiga de los mutantes".
06/02/1993
7. La Isla de los Esclavos
Los X-MEN descubren la verdad detrás de Genosha pues Gambito, Júbilo y Tormenta, junto con otro grupo de mutantes, son obligados a trabajar como esclavos para completar una represa con la cual dar energía a la fábrica de Centinelas. Mientras tanto, Gambito conoce al misterioso Cable.
13/02/1993
8. El Imparable Juggernaut
Cuando la Mansión X es destruida, los X-Men culpan primeramente al mutante ruso Colossus, antes de descubrir que el verdadero culpable es Leviatán.
20/02/1993
9. La Cura
Titania va a la Isla Muir por un tratamiento experimental para librarse de sus poderes mutantes y escapa por poco de convertirse en una esclava de Apocalypse.
27/02/1993
10. La Llegada de Apocalipsis
Apocalipsis convierte a los mutantes que viajan a la Isla Muir buscando la supuesta cura en Jinetes. Apocalypse y sus Cuatro Jinetes atacan la Conferencia de la Paz en París. Titania absorbe el lado maligno de Arcángel.
06/03/1993
11. Días del Futuro Pasado (Parte 1)
En un futuro controlado por Centinelas, Bishop es enviado atrás en el tiempo para evitar que un miembro de los X-MEN asesine a una importante figura política. Aparecen las lápidas de las tumbas de Cyclops (2032), Rogue (2033), Storm (2021) y Jubilee (2010).
13/03/1993
12. Días del Futuro Pasado (Parte 2)
Bishop y los X-Men viajan a Washington e impiden el asesinato del senador Robert Kelly; pero Bishop regresa para darse cuenta que el futuro no ha cambiado.
20/03/1993
13. La Decisión Final
Los X-Men y Magneto se unen para detener a Master Mold que intenta reemplazar el cerebro del Senador Kelly con un computador, e involucrarse en una fuerte batalla contra una tropa de Centinelas. Kelly retira su campaña anti-mutante y Beast es liberado de la prisión